Научноизследователската дейност на сътрудниците от отдела е насочена към:

• Разширяване и обогатяване на  генофонда при ябълка, череша   слива, вишна, круша, грозде и подложки за овощните видове.

• Проучвания върху агробиологичните и стопански качества на събраните  сортове и подложки, преценка и отбор на най-ценните от тях и предлагането им на производствената практика.
• Използването на богатия  генофонд  от сортове и подложки  като донори в селекционния процес за получаване на ценни хибриди  и нови сортове с желани качества.
• Използването на методите на тъканните култури  и ембриокултурите  при селекцията на нови, ранозреещи сортове, сортове устойчиви на абиотични стресови фактори и тяхното бързо размножаване.
• Проучване на взаимоотношението между сорт и подложка и подбор на най-подходящи комбинации между тях за производство на посадъчен материал.
• Проучване на десертни сортове лози при екологичните условия на Западна България
• Създаване, обогатяване и подържане на генбанки от основните овощни сортове и подложки за тях  и производство на автентичен посадъчен материал.

• Непрекъснато обновяване и обогатяване на сортовата структура чрез интродукция, изучаване и конкурсно сортоизпитване на ягода, малина, къпина, касис, червено френско грозде, бодливо немско грозде, арония и облепиха;
• Селекционна дейност при ягода и малина;
• Усъвършенстване на технологии за производство на автентичен посадъчен материал от ягодоплодни култури;
• Разработване на технологии за интегрирано и биологично производство на плодове от ягоди и малини;
• Биоекологично проучване на ключовите неприятели по ягодоплодните култури и контрол с тях.